Różnice w obu wersjach komunikatora AQQ są duże. Praktycznie nowa wersja 2.x to zupełnie nowy program, w większości niezgodny z wcześniejszą wersją. Oznacza to, że wszelkie dodatki dostępne dla wersji 1.x nie będą działać w nowej wersji 2.x. Wyjątkami od tej reguły są tylko wybrane dodatki, jak np. emotikony czy dźwięki, które można używać niezależnie od wersji komunikatora AQQ. Ponieważ komunikator AQQ w wersji 2.x ciągle się rozwija, powstają do niego nowe dodatki, często znane z poprzedniej wersji, lecz odpowiednio dostosowane.
Podstawowa różnica między tymi wersjami komunikatora AQQ polega na innej domyślnej sieci komunikacyjnej, z której korzystają. W wersji 1.x jest to sieć AQQ, natomiast w wersji 2.x jest to sieć Jabber/XMPP. Zalecanym serwerem sieci Jabber/XMPP jest tutaj aqq.eu, jednak otwartość tej sieci pozwala na założenie konta na dowolnym innym serwerze. Jednocześnie komunikator AQQ 2.x pozwala również na połączenie z użytkownikami starej sieci AQQ za pomocą specjalnej wtyczki, która od wersji AQQ 2.0.5.50 nie jest wspierana.